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科學家生成人類全基因組
更新時間:2016-03-07   點擊次數:1405次

ELISA試劑盒研究人員生成了兩個人類全基因組的基因調控子圖集。兩篇論文報道。篇是轉錄起始位點圖集,即RNA聚合酶開始將DNA轉錄成RNA;第二篇是增強子激活圖集,非啟動子DNA的延伸上調某些基因的轉錄。
這是一個對不同細胞類型的轉錄子活性進行非常廣泛的調查,是一個非常寶貴的資源,并且在目前來說,這也是相當*,*可比的資源是基因型與組織中的表達程序( GTEX ) ,當大量收集有效轉錄數據的時候,特別是原代細胞。我覺得這是非常重要的。很多人會發(fā)現這數據是非常有用的。
人類基因組,并確定基因表達是如何產生那么多種細胞類型。參與DNA元件百科全書(ENCODE)計劃的成員中,利用染色質免疫沉淀分析和DNA酶敏感區(qū)定位法,此外,為了確定轉錄因子結合DNA和染色質“開放”位點,因此用DNA酶進行切割。使用多種細胞系和只研究少數細胞類型,研究無數的原代細胞和組織類型,以及細胞系。
ELISA試劑盒為了創(chuàng)建這些圖譜,分析基因表達( CAGE )測序rna轉錄啟動子。通過映射 CAGE 標簽上的人類基因組,研究所領導的研究組鑒定出位于轉錄起始位點上游的啟動子區(qū)域。研究人員使用CAGE 識別出人類原代細胞、組織樣品和永生細胞系的啟動子,他們發(fā)現,許多基因具有多個轉錄起始位點,并且在不同類型的細胞中轉錄起始的位置也不同。
采用CAGE ,研究組也確定了增強子的RNA轉錄序列。其他研究組先前表明,一些增強子是雙向轉錄——從中心開始往外面兩個方向轉錄,兩條DNA鏈同時進行。研究小組發(fā)現的證據表明,雙向轉錄是增強子激活的一個明顯特征。CAGE檢測出約75 %的增強子促進HeLa細胞中的報告基因表達,比以前通過ENCODE鑒定出非轉錄增強子的多。

ELISA試劑盒在這么多類型的細胞,這一數字[增強子激活]是在一種低端領域中,其他組也發(fā)現,增強子生成RNA量非常低。我的理解是,他們同時擁有[一]高真陽性率,和假陰性率。所以,無論他們確定什么,我相信那些是真實的,激活的增強子,但它們也可能會錯過激活的增強子,那是因為低豐度的eRNAs。
增強子和啟動子的在未來的用途,定義到不同的細胞類型提高將一個細胞轉化成另一個類型的細胞的可能性。它也可以幫助預測一個特定癌癥是否要轉移。

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